증상으로는 갑상선 호르몬의 결핍으로 인하여 전신의 대사과정이 느려져서 나타나는 임상증상이 나타나는데 신생아 및 유아에서의 성장과 발육에 지장을 초래하여 정신박약 등의 영구적 휴우증을 초래한다. 성인에서는 세포들의 대사지연으로 인하여 glycosaminoglycan의 세포내 축적이 일어나 피부 및 근육에 부종을 초래하여 점액수종(myxema)이 나타난다.

신생아 크레틴병은 원래 요오드 결핍에 의해 갑상선종과 더불어 지능발육지연(mental retardation), 발육부전 및 단신(short statue), 부종, 신경증상, 농아 등의 증상을 보인다. 아울러 호흡장애, 청색증(cyanosis), 황달, 제대탈장(umblical hernia), 쉰 울음소리, 젖을 못발고 뼈 성장 장애 들이 나타난다.

소년기의 갑상선 기능저하증은 성장지연 및 지능발육지연으로 특징된다. 청소년기에는 사춘기의 조숙현상이 나타날 수 있으며 단신과 터어키안(sella turcica)의 종대가 관찰되기도 한다.

성인의 갑상선 기능저하증은 질환의 진행정도에 따라 임상 증상이 없는 경우로부터 점액수종까지 그 임상 증상이 매우 다양하게 나타난다. 전형적인 갑상선 기능저하증의 일반적인 증상으로는 피로, 한랭불내성(cold intolerance), 체중증가, 부종, 무력감, 기억력 감퇴, 변비, 월경불순 및 근육통 등이 있다.